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Se considera que en Ecuador alrededor del 81,5 por ciento, en volumen, del comercio internacional del Ecuador se transporta por barco.  Según las autoridades, 3.800 buques fondearon en puertos ecuatorianos en 2010 (42 millones de toneladas).

El Consejo Nacional de la Marina Mercante y Puertos (CNMMP) está encargado de la regulación del sector del transporte marítimo, incluidos los puertos.  La ley prescribe que los servicios de cabotaje, carga y transporte de pasajeros están reservados a buques que enarbolen el pabellón ecuatoriano.  El transporte de hidrocarburos desde y hacia el Ecuador también está reservado a la compañía naviera nacional (Flopec), en la que el Estado tiene una participación mínima del 51 por ciento.  El transporte de cargas distintas del petróleo corre a cargo de compañías navieras internacionales.

Las principales disposiciones que regulan el sector figuran en la Constitución de 2008, el Reglamento a la Actividad Marítima y las modificaciones de la Ley de Fomento a la Marina Mercante Nacional.  El Consejo Nacional de Transporte, creado en 2007 y en funcionamiento desde 2010, se ocupa de coordinar el Plan Estratégico Nacional de Transporte.

El Ecuador cuenta con cuatro puertos internacionales principales y tres terminales petroleras. El puerto de Guayaquil es, con mucho, el más importante, y maneja más del 90 por ciento del tráfico de contenedores del país, el 72 por ciento de sus importaciones y el 63 por ciento de sus exportaciones, en volumen (2008). En el período objeto de examen, el Gobierno llevó a cabo importantes proyectos de inversión en infraestructuras portuarias.  Los buques nacionales y extranjeros están sujetos a los mismos derechos portuarios para las mismas rutas de transporte.  Los puertos son propiedad del Estado, aunque se han confiado servicios portuarios a operadores privados en el puerto de Guayaquil.